استعرض عدد من الأكاديميين والمحللين السياسيين الصعوبات والتحديات إلى قد تواجه تنفيذ مخرجات الحوار الوطني وفي مقدمتها غياب الديمقراطية الحقيقية في المجتمع اليمني وانخفاض نسبة الوعي وسيطرة مراكز القوى والقبيلة على السلطات المحلية التي قد تؤثر سلبا في إدارة وقيادة الأقاليم بالشكل المطلوب إضافة إلى الخلل القائم في التوزيع على أساس المساحة الجغرافية والكثافة السكانية. وأكد المشاركون في ندوة “الخارطة السياسية والديمغرافية لليمن ما بعد الحوار الوطني” أهمية أن تشكل الأقاليم وفق رؤية علمية منهجية تضمن الحل العادل للقضية الجنوبية والمواطنة المتساوية في الحقوق والواجبات وتطبيق سيادة القانون على الجميع حسب تعبيرهم. واعتبروا الوثيقة النهائية لمؤتمر الحوار الوطني خارطة طريق للمستقبل المأمول وتحقيق الأمن والاستقرار وإشاعة الطمأنينة في أوساط المجتمع وإعادة الأمل في مستقبل أمن لوطن واحد وموحد ? تهدده التجزئة والتشطير وتجنبه السقوط في الهوة السحيقة. أوراق العمل التي قدمها عدد من الأكاديميين تناولت: رؤى علمية فكرية لتقييم مخرجات الحوار الوثيقة وشكل الدولة ومواقف القوى المحلية والإقليمية والدولية من نتائج الحوار والتحالفات والصراعات المتوقعة والفرص والتحديات في الواقع الراهن.